¿Es el mundo lo que parece? Thomas Anderson (Keanu Reeves), programador de una importante empresa de software y asaltador informático de alias Neo, averiguará que no. Con él contactará un extraño grupo encabezado por Morfeo (Lawrence Fishburne), quien le mostrará la verdadera realidad que se esconde tras lo aparente: un mundo dominado por las máquinas, las cuales esclavizan a la Humanidad para utilizar nuestros cuerpos como simple fuente de energía. ¿Pero, y nuestra mente, dónde se encuentra entonces? la respuesta está en Matrix.

Neo, Morpheus, Trinity y el resto de la tripulación continúan en la lucha contra las máquinas que han esclavizado a la raza humana. Ahora más humanos han sido despertados e intentan vivir en el mundo real. A medida que aumentan en número, la batalla se acerca a Sion, la última ciudad real en el mundo y centro de la resistencia humana. Y tiene poco tiempo, muy poco tiempo...

Los humanos luchan la última gran batalla definitiva por el control de Zion y del planeta. Mientras tanto, Neo tendrá que aprovechar el poco tiempo que le queda antes de la invasión de las máquinas para poder descifrar el verdadero sentido de su existencia en Matrix.