Los restos que quedan del Cortex Vortex acaban impactando contra unas
antiguas ruinas de Australia, y un espíritu maligno llamado Uka Uka acaba
siendo liberado. Cuando Uka Uka sobrevuela la casa de Crash, Aku Aku se da
cuenta de que esta ocurriendo algo malo y reúne a Crash y Coco en la casa.
Uka Uka reune al Doctor Cortex y decide darle una ultima oportunidad para
reunir cristales y dominar el mundo. Mientras tanto, Aku Aku cuenta a Crash
y Coco que Uka Uka es su gemelo maligno y que deben reunir 25 cristales antes
que ellos si quieren salvar al mundo.

Crash y Coco son llevados a una maquina del tiempo en la que viajar a
distintas épocas para reunir los cristales. Finalmente logran reunir los
cristales, gemas y reliquias y salvar al mundo… por ahora.