Holas gente aqui les traigo comandos para transformar video en linux, solo tenemos que ubicarnos dentro de la carpeta del video desde la consola y pegar el codec segun quieras transformar.
Antes que nada instalar los codec

sudo aptitude install ffmpeg

me parece que el mencoder ya lo tiene por defecto sino me corrigen

LO QUE ESTA EN PARENTESIS ES LO QUE TENEMOS QUE CAMBIAR POR EL NOMBRE DEL VIDEO

NO AGREGAR EL PARENTESIS EN LA CONSOLA

MOV a AVI

mencoder -oac mp3lame -srate 22050 -ovc lavc -lavcopts vcodec=mjpeg -vf scale=680:544 (archivo.mov) -o (video_nuevo.avi)

mencoder (100_2353.mov) -ovc lavc -oac mp3lame -o (batu.avi)

ffmpeg -i (100_2353.mov)  -acodec mp3 -vcodec mpeg4 (batu.avi)

MPEG a AVI DVD

mencoder -oac lavc -ovc lavc -of mpeg -mpegopts format=dvd -vf scale=720:480, harddup -srate 48000 -af lavcresample=48000 -lavcopts vcodec=mpeg2video: vrc_buf_size=1835:vrc_maxrate=9800:vbitrate=5000:keyint=18:acodec=ac3: abitrate=192:aspect=16/9 -ofps 30000/1001   -o (movie.mpg) (movie.avi)

RMVB a AVI

mencoder -oac mp3lame -lameopts cbr=128 -ovc xvid -xvidencopts bitrate=1200 (video_input.rmvb) -o (video_output.avi)

MOV a DIVX

mencoder -ffourcc DX50 -vop scale=496:368 -forceidx -af resample=44100:lavcresample=44100 -srate 44100 -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4:vhq:vbitrate=1500:keyint=12:vpass=2 -oac mp3lame -lameopts cbr:br=320 (PICT0016.MOV) -o (PICT0016.divx)

ffmpeg -i (100_2353.mov)  -acodec mp2 -vcodec xvid (batu.avi)

MOV a MPEG

ffmpeg -i (100_2353.mov)  -acodec mp2 (batu.mpg)

FLV a AVI

ffmpeg -i (tu_archivo.flv) (tu_nuevo_archivo.avi)

FLV a MPEG

ffmpeg -i (tu_archivo.flv) (tu_nuevo_archivo.mpeg)

Espero que les sirva y un saludo...