La historia trata de Jaden Yuki , quien hace su examen para entrar en la Academia de Duelos, donde se aprende a jugar el Duelo de Monstruos para llegar a convertirse en el Rey de los Juegos. La academia está dividida en tres cuartos: Obelisco Azul, Ra Amarillo y Slifer Rojo y el Cuarto Blanco. Al ir a su examen, Jaden se tropieza con un adulto Yugi Muto, quien le regala la carta, Kuriboh Alado.
A pesar de llegar un poco retrasado, a Jaden se le permite hacer el examen de ingreso, tocándole como rival el Dr. Crowler, uno de los profesores de la academia de duelo, quien cuenta con un doctorado en duelos. A pesar de que Crowler parece llevar la ventaja desde el principio, Jaden logra vencerlo y así ingresar. A pesar de haber vencido a Crowler, Jaden es enviado a Slifer Red debido a sus malas calificaciones en el examen teorico.


Capitulo 1: El proximo rey de los juegos
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Capitulo 2: Bienvenido a la academia de los duelos
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Capitulo 3: Un duelo de amor
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Capitulo 4: Anhelo de duelo
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Capitulo 5: El duelista oscuro (1º parte)
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Capitulo 6: El duelista oscuro (2º parte)
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Capitulo 7: Duelo y castigo excepcional
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Capitulo 8: Por el bien de Syrus
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Capitulo 9: Asunto familiar
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Capitulo 10: El duelo decisivo (1º parte)
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Capitulo 11: El duelo decisivo (2º parte)
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Capitulo 12: La formula del exito
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Capitulo 13: El duelo del simio
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Capitulo 14: Un espiritu invocado
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Capitulo 15: Duelo por Alexis
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Capitulo 16: El duelista gigante
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Capitulo 17: El valor de elegir
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Capitulo 18: El rey de los imitadores (1º parte)
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Capitulo 19: El rey de los imitadores (2º parte)
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Capitulo 20: La doncella enamorada
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Capitulo 21: El duelo incomodo (1º parte)
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Capitulo 22: El duelo incomodo (2º parte)
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Capitulo 23: El pequeño Belowski
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Capitulo 24: El nuevo Chazz
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Capitulo 25: El interescolar (1º parte)
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Capitulo 26: El interescolar (2º parte)
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Capitulo 27: Peligro en la cripta (1º parte)
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Capitulo 28: Peligro en la cripta (2º parte)
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Capitulo 29: El duelo del apocalipsis (1º parte)
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Capitulo 30: El duelo del apocalipsis (2º parte)
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Capitulo 31: El campo del terror (1º parte)
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Capitulo 32: El campo del terror (2º parte)
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Capitulo 33: El campo del terror (3º parte)
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Capitulo 34: El factor del miedo
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Capitulo 35: Rivalidad entre hermanos
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Capitulo 36: Hasta que el duelo nos separe (1º parte)
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Capitulo 37: Hasta que el duelo nos separe (2º parte)
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Capitulo 38: Duelo en las profundidades
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Capitulo 39: Los escorpiones oscuros
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Capitulo 40: Una leyenda viviente
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Capitulo 41: Una razon para ganar
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Capitulo 42: El dia del espiritu de los monstruos
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Capitulo 43: Corazones violentos
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Capitulo 44: El septimo jinete de la sombra
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Capitulo 45: El juego de Amnael (1º parte)
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Capitulo 46: El juego de Amnael (2º parte)
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Capitulo 47: Chazz - Anova
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Capitulo 48: El despertar de las bestias sagradas (1º parte)
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Capitulo 49: El despertar de las bestias sagradas (2º parte)
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Capitulo 50: Graduacion
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Capitulo 51: La graduacion (1º parte)
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Capitulo 52: La graduacion (2º parte)
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